Η Aegean ιδρύθηκε το 1987 ως Aegean Aviation από τον επιχειρηματία Νικόλαο Σιμιγδαλά. Ο Όμιλος Βασιλάκη την απέκτησε το 1994. Το Μάρτιο του 1999 ιδρύθηκε και επίσημα η Aegean Airlines και ξεκίνησε τις πρώτες πτήσεις της από την Αθήνα προς Θεσσαλονίκη και Ηράκλειο, χρησιμοποιώντας δύο ιδιόκτητα αεροσκάφη jet Avro RJ 100 της βρετανικής BAe Systems. Το 2001 συγχωνεύτηκε με την άλλη μεγάλη ελληνική ιδιωτική αεροπορική εταιρεία Cronus Airlines και το αποτέλεσμα ήταν να δημιουργηθεί η μεγαλύτερη ιδιωτική ελληνική αεροπορική εταιρεία. Η Aegean ανακοίνωσε στις 26 Μαΐου 2009 την υπογραφή συμφωνίας για την είσοδό της στην διεθνή αεροπορική συμμαχία Star Alliance. Έκτοτε η Aegean είναι πλήρες μέλος της συμμαχίας. Στις 9 Οκτωβρίου 2013 η Ευρωπαϊκή Επιτροπή ανακοίνωσε την έγκρισή της σχετικά με την απορρόφηση της αεροπορικής εταιρείας Olympic Air από την Aegean Airlines, δημιουργώντας έτσι την μεγαλύτερη αεροπορική εταιρεία της Ελλάδας.
